Com és habitual, es desconeix l'inici real de formació de nuclis poblacionals a la vila però se sap que ja els romans van construir una via que passava per la zona, la que anava des de Tarraco fins a Osca. Però també es va fer visible la presència dels musulmans on L'Almanzil era present pel Tossal del Vilot així com a Saidia.

Ramon Berenguer IV va fer fugir els musulmans l'any 1149 i es va repoblar la vila amb gent que venia de les contrades del nord ja que Alfons I concedia certs privilegis als nou vinguts. La divisió del territori entre Catalunya i Aragó deixa Almacelles just a la frontera.

Durant l'Edat Mitjana la vila es va veure envoltada en guerres, pestes, fams i el bandolerisme que privava per l'època pero, fins i tot així, no va perdre importància ja que era un enclau vital de pas per a nombrosos cavallers i ramaders que feien pastar els seus ramats en zones d'una riquesa natural impresionant.

Però de la mateixa manera que Almacelles es constituia com a un important pas fronterer, això creà problemes durant la Guerra dels Segadors ja que aquest indret es converteix en un ideal camp de batalla entre els francesos, comandats per Lluís XIII, del qual pren part a favor la població, i per l'altra banda Felip IV, que aconseguiria la victòria deixant només runes on abans hi havia una vila d'esplendor.

Després d'aquest despoblament, i un segle després, Melcior de Guàrdia i Matas comprà els terrenys i va iniciar la reconstrucció, lenta pero ferme. Això succeia a mitjans del segle XVIII. Poc a poc va arribant gent fins que Almacelles es veu, de nou i contra la seva voluntat, involucrada en la Guerra del Francès, depenent de Napoleó, amb la conseqüent fugida de la població. Guanyada la guerra i expulsats els francesos, la gent torna a les seves llars.

El segle XIX porta l'arribada del ferrocarril, noves vies de comunicació i, especialment, la construcció del canal d'Aragó i Catalunya, inaugurat el 1910, fet importantíssim ja que va dotar Almacelles de noves fonts de regadiu aconseguint que nombrosos pagesos es decidissin a venir a la zona per les noves perspectives que oferia. Pels anys 30, ja s'havia arribat als 3200 habitants.

Malgrat que la Guerra Civil va influir, no ho va fer tant com a altres poblacions catalanes, i el ritme censal va anar creixent lentament fins a convertir-se, avui en dia, en una de les ñpoblacions més importants de la comarca.