La primera dada documental de la vila es refereix al precepte de Carles el Simple, el 922, on es confirmen les propietats que la seu de Girona tenia al loco quod dicitur Armentaria, però ja des del s.X va ser un domini dels monjos de Sant Pere de Rodes: en una butlla de Benet VI, del 974, on es confirmen els béns del cenobi, és esmentada la vila d'Armentera cum ipsa eclesia Sancti Martini.

Aquest domini torna a ser confirmat, i en un precepte de Lotari del 982 consta així. En el document fundacional de la canònica de Girona (1019) es fa referència a un alou que la seu posseïa a l'Armentera, el quan va passar a dependre dels canonges.

A la fi del segle XVII consta com a lloc del comtat d'Empúries i, més tard, fou lloc reial. L'any 1641 la vila fou atacada per les tropes franceses del duc de Nouilles i l'any 1713 per les forces de Felip V.