Pocs anys més tard seria adquirida per Arnau de Sanahuja. Durant el segle XIV, s'incorporà a Lleida com a poble de la contribució. L'any 1344 van constituir-se veïns de Lleida, sota el pagament de diversos terminis. El 8 d'abril de 1344 va passar a ser població de braç reial, és a dir, a dependre directament del rei, al mateix temps que passava a ser vila. Així començà el camí de la independència que es veié interromput al segle XV per espai de 20 anys.

El 7 de juny del 1640, les Borges s'aixecà contra el rei fent costat a la causa catalana a la guerra dels Segadors. Després va acceptar la sobirania de Lluís XVIII de França, i retornà a l'obediència del rei d'España l'any 1644. Als volts del 1650, la ciutat era quarter general dels invasors francesos. L'1 de setembre de 1650 aquests foren fora de la vila, i 4.000 soldats de cavalleria i 200 d'infanteria espanyols entraren al poble.

Durant el segle XIX són de destacar les tres guerres Carlines, a la tercera de les quals els lliberals borgencs venceren als absolutistes. És a la darreria d'aquest segle, als voltants de 1880, quan a la vila ja hi havia 10 molins d'oli, amb 27 premses.