Es creu que la famosa Via Domitia o Via Augusta va entrar a la península ibèrica pel Coll de Panissars o Portús. Recentment s'han trobat dos basaments d'uns quinze metres d'amplada per trenta d'allargada, que són a cada una de les bandes de la via romana..

En l'epoca medieval, la vila fou un indret estratègic donada la seva situació privilegiada envers guerres, enfrontaments o vies de comunicació.

El castell de Rocabertí fou un dels principals emplaçaments de la zona, però fou enderrocat l'any 1138 en un enfrontament entre Ramon Berenguer IV i Ponç II d'Empúries, però va ser aixecat de nou durant el s.XII. Aquest castell va tenir una certa relevància en la guerra contra el rei de França Felip l'Ardit, l'any 1285

Les posteriors guerres van deslligar el terme de nuclis poblacionals i només certs castells, com el de Requesens, mantenien alguns grups. Aquest castell, de grans dimensions, era una fortalesa impresionant. Va ser derruit al llarg dels segles però va ser edificat, de nou, a la fi del s.XIX, pel comte de Perelada.

Durant el segle XX, i ja entrada l'era de les comunicacions, serveis i altres, La Jonquera ha esdevingut un dels llocs de pas més comuns pels viatgers de tota Europa que volen adrentar-se en territori català o espanyol. Avui en dia, la vila és un centre comercial d'abast important i ofereix una gran quantitat de serveis i una vida social i econòmica intensa.