Les primeres dades d'ocupació es detecten ja en l'època neolítica si fem cas de les destrals de pedra polida aque han aparegut al carrer Palamós i a Llofriu. Al segle VI a.C. els grecs arriben a la costa catalana i funden Empòrion. L'impacte de les cultures fenícia i grega sobre els indígenes (indiketes) provocà l'esclat del que coneixem com a cultura íbèrica.El primer nucli habitat compacte de Palafrugell fou el poblat ibèric situat al cim de la muntanya de Sant Sebastià, que perdurà fins al segle II a.C.

L'any 218 a.C. l'exèrcit romà desembarca a Empúries i, el 197 a.C., els indigetes són derrotats pels romans. La romanització aporta alks nadius la llengua (llatí) i la religió (cristianisme). Les poblacions abandonen els llocs elevats i s'estableixen a la costa. Llafranc, que ja era habitat als segles II i I a.C., fou un nucli important que perdurà fins i tot sota el domini visigot. La crisi del món antic suposa un desplaçament del poblament cap a l'interior i sorgeixen els primers nuclis de població, com Palafrugell, Santa Margarida... com a conseqüència de la por a la pirateria.

Palafrugell va ser dominat per visigots, àrabs i francs. La primera referència escrita és del segle X en un document del 988 que consisteix en la donació testamentària de propietats de Palafrugell i Mont-ras feta per una tal Ermengarda a l'església de Sant Pere de Galligans. El rei Alfons el Cast (1162-1196) posà fi al domini de la Casa de Barcelona cedint Palafrugell i Llofriu a l'ordre religiosa del Sant Sepulcre. En establir-se els sepulcristes a Barcelona fundaren la Col.legiata de Santa Anna i Palafrugell fou una de les seves principals possessions des del 1250. L'any 1251, Jaume I (1213-1276) concedí a Palafrugell el privilegi de no allotjar tropes dins la vila. El 1285, a la vora de les illes Formigues, l'estol del rei Pere el Gran (1276-1285) comandat per Roger de Llúria, destrossà l'esquadra francesa de Felip l'Ardit.

Durant el segle XVI augmenta el perill turc a les costes mediterrànies i a tot el terme de Palafrugell sorgeixen torres de defensa i de guaita. Al segle XVII, l'imperi espanyol s'enfronta al francès i Catalunya esdevé territori de combat. L'any 1673, 400 homes de l'exercit castellà s'allotgen a Palafrugell contravenint el privilegi de Jaume I i es dediquen al pillatge desenfrenat. Aquesta situació provoca la crispació dels palafrugellencs i així esdevingué l'anomenat "Combat de Palafrugell" el 20 de juliol de 1638. La reacció militar castellana fou d'enviat a la vila deu companyies de càstig. Aquest fet fou un dels orígens del Corpus de Sang i de la Guerra dels Segadors (1640).

Comença el segle XVIII amb la Guerra de Successió (1713). Les tropes franceses entren a la vila i forcen els jurats a pagar impostos de guerra. Fins a mitjan segle XVIII l'economia de Palafrugell es basa en l'agricultura, la pesca i el corall, però aleshores comença a sorgir la indústria tapera per servir les cases de vins de la Xampanya. A la segona meitat del segle XVIII s'incrementa també l'activitat comercial del port de Calella, però la Guerra del Francès (1808) arriba també a la nostra vila.

El segle XIX es caracteritza per un important desenvolupament de la indústria del suro que perfecciona la manufactura i potencia l'exportació del producte, i per la creació de diverses cooperatives de consum. Els palafrugellencs participen també en la rebel.lió federalista de 1869. La fi del segle XIX és l'època de plenitud de l'artesanat del suro que representà per a la comarca un augment del benestar social que es veié reflectit en la celebració de grans festes majors, aplecs i, sobretot, del Carnaval que va esdevenir cèlebre per les seves desfilades de carrosses i pels balls de màscares.

Al principi del segle XX, la indústria surera té una gran competència perquè la indústria estrangera es va mecanitzant i comença a mivar. La vida de Palafrugell va canviant i arriben els primers turistes. Els anys 50 i 60 marquen l'augment continuat del turisme que movia altres activitats com la construcció, que implicarà l'arribada dels immigrants i la transformació del paisatge.