A pesar de que hay vestigios del neolítico y del románico en la zona, hay que destacar los primeros poblados íberos, que le dieron el nombre de Tereses, Tereja e incluso algunos han supuesto que fuera Canani. Su nombre actual procede directamente del árabe Guad-al-Kanal.

Quedan vestigios del castillo y murallas medievales, aunque más significativos sean los que se emplearon para levantar la parroquia de la Asunción.

En 1241, Guadalcanal fue incorporada, en materia eclesiástica, a la vicaría de Santa María de Tentudía, dependiente del Priorato de San Marcos de León. A finales del s. XIV, se funda la vicaría de Guadalcanal, con lo que se emancipa de la de Tentudía, a la que solo acude en grado de apelación. A mediados del siglo XVI se descubren yacimientos de plata, que fueron explotados por la Real Hacienda hasta agotar los filones en el siglo pasado.

En 1833, la división provincial encomendada a Javier de Burgos propicia la inclusión de Guadalcanal en la Provincia de Sevilla. A mediados del siglo pasado se segrega del término de Guadalcanal la aldea pedánea de Malcocinado, que ya como municipio independiente pasará a formar parte de la provincia de Badajoz.