Alfonso VIII de Castilla concedió a Hondarribia en 1.203, aunque parece que el verdadero nucleo urbano aparece en la primera mitad del siglo XIV.

En agradecimiento al importante papel que desempeñó la villa en la defensa de la frontera frente a Guipúzcoa, el rey Carlos III, en el año 1.402, amplió los privilegios concedidos por su padre a los lesakarras.

En 1.411 en un ataque y con el consecuente incendio provocaron la destrucción de 88 casas. Después de que en 1.444 la tropas castellanas volvían a destruir la villa, el rey Juan II le concedió una exención tributaria durante 30 años.