Los orígenes de la población se remontan a la época romana: en el siglo II a. C. se instalan en el Trull del Moro. Puçol alcanza notoriedad por estar situado entre dos grandes fortalezas: Sagunto y El Puig. Se desarrolla el actual sistema de riegos mediante acequias.

La población se rinde a Jaime I en 1236 tras la conquista por los cristianos de la fortaleza del Puig. Poco después, Puçol es donada al capítulo de la Catedral de Valencia, quien ostentó el Señorío de Puçol. El Arzobispo de Valencia, Joan de Ribera, construye la Iglesia de los Santos Juanes y el Palacio Arzobispal en el siglo XVII, creando además uno de los primeros jardines botánicos de España.

Tras la Batalla de Almansa, en 1707, Puçol jura fidelidad al nuevo Rey de España, Felipe V, al tiempo que desaparecen los "Fueros del reino de Valencia" otorgados por Jaime I. La Batalla de Puçol, en 1808, marca la lucha del pueblo contra la invasión francesa. Tras años después, con la abolición de los señoríos, Puçol deja de pertenecer al Arzobispado de Valencia.

El 1960 se funda la Factoría Cointra, que contribuye decisivamente a cambiar la fisonomía del pueblo: se construyen el barrio y las casas de Cointra para alojar a numerosos inmigrantes.