Les primeres referències escrites del poble les trobem al segle X, quan és esmentada entre les possessions del monestir de Sant Pere de Rodes, llavors anomenada Villa Ludaica.

Tot i això de la seva església no trobem referència escrita fins l'any 1080, quan s'hi va haver de resoldre un cas de robatori comès contra l'abat de Sant Pere de Rodes.

El Comte d'Empúries, Ponç I, va instal·lar al Castell de Quermançó, situat al terme, l'arxiu diplomàtic del comtat el qual deixà als seus fills en el testament de 1078. El compte va ser empresonat per Berenguer III de Barcelona al mateix castell després d'haver procedit arbitràriament contra Berenguer Renard.

La població va patir un augment considerable durant els segle XVIII i XIX degut a que hi havia més gent que treballava al camp. Aquest creixement continua durant els inicis del segle XX, a la vila s'hi collia olí i vi que era exportat a païssos com Alemanya i Suïssa. Però el que veritablement feia de Vilajuïga un lloc especial eren les seves aigües minerals que va ser declarada d'utilitat pública l'any 1904.